• facebook
  • linkedin
  • youtube

SARS-CoV-2 parādīšanās B.1.1.7. Izcelsme

Amerikas Savienotās Valstis, 2020. gada 29. decembris2021. gada 12. janvāris

Summer E. Gelovejs, PhD 1 ;Prabasajs Pauls, PhD 1 ;Dankans R. Makkanels, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

Džons T. Brūkss, MD 1;Ādams Maknīls, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1;Susjans Tongs, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregorijs L. Ārmstrongs, MD 2;

Metjū Biggerstafs, ScD 1 ;Vivjena G. Dugana, PhD

2021. gada 15. janvārī šis ziņojums tika publicēts kā MMWRAgrīna izlaišana MMWR vietnē (https://www.cdc.gov/mmwr).

Apvienotā Karaliste ziņoja 2020. gada 14. decembrīSARS-CoV-2 apdraudējuma variants (GOS), cilts B.1.1.7,apzīmēts arī kā GOS 202012/01 vai 20I/501Y.V1.*Tiek lēsts, ka B.1.1.7 variants parādījās septembrī2020 un ātri kļuvis par dominējošo apgrozībāSARS-CoV-2 variants Anglijā (1).B.1.1.7 ir bijiskonstatēti vairāk nekā 30 valstīs, tostarp Amerikas Savienotajās Valstīs.Kā2021. gada 13. janvārī ir bijuši aptuveni 76 B.1.1.7.konstatēts 12 ASV štatos.Vairākas pierādījumu līnijasnorāda, ka B.1.1.7. tiek pārraidīts efektīvāk nekā irciti SARS-CoV-2 varianti (13).Modelētā trajektorijašis variants ASV uzrāda strauju izaugsmi 2021. gada sākumā,martā kļūstot par dominējošo variantu.PalielinātsSARS-CoV-2 pārnešana var apdraudēt saspringtu veselības aprūpiresursiem, nepieciešama paplašināta un stingrāka īstenošanasabiedrības veselības stratēģijas (4) un palielināt procentuālo daļuiedzīvotāju imunitāte, kas nepieciešama pandēmijas kontrolei.Ņemotpasākumi transmisijas samazināšanai tagad var samazināt potenciāluB.1.1.7. ietekme un jāparedz kritiskais laiks, lai palielinātu vakcīnupārklājumu.Kopā uzlabota genoma uzraudzībaapvienojumā ar pastāvīgu atbilstību efektīvai sabiedrībaiveselības pasākumi, tostarp vakcinācija, fiziska distancēšanās,masku lietošana, roku higiēna, kā arī izolācija un karantīna, gribasir būtiska, lai ierobežotu vīrusa SARS-CoV-2 izplatībukas izraisa koronavīrusa slimību 2019 (COVID-19).Stratēģiskspersonu bez simptomiem, bet ar lielāku riskuinfekcija, piemēram, tie, kuri ir pakļauti SARS-CoV-2 vai kuriem irbieža neizbēgama saskarsme ar sabiedrību, nodrošina cituiespēja ierobežot notiekošo izplatību.

Globālā genoma uzraudzība un ātra atvērtā pirmkoda koplietošanavīrusu genoma sekvences ir atvieglojušas gandrīz reāllaikājaunattīstības SARS-CoV-2 noteikšana, salīdzināšana un izsekošanavarianti, kas var sniegt informāciju par sabiedrības veselības centieniem kontrolētpandēmija.Tā kā dažas vīrusa genoma mutācijasparādīties un pēc tam atkāpties, citi varētu dot selektīvu priekšupielāgošanu variantam, tostarp uzlabotu pārvadāmību, laišāds variants var strauji dominēt citos cirkulējošos variantos.

Pandēmijas sākumā SARS-CoV-2 saturoši variantiD614G mutācija smaile (S) proteīnā, kas palielināsreceptoru saistīšanās aviditāte daudzos strauji kļuva dominējošaģeogrāfiskie reģioni (5,6).2020. gada vēlā rudenī vairākas valstis ziņoja par atklāšanuSARS-CoV-2 varianti, kas izplatās efektīvāk.Papildusvariantam B.1.1.7, nozīmīgi varianti ietver B.1.351ciltsraksts pirmo reizi atklāts Dienvidāfrikā un nesen identificētsB.1.1.28 apakšklāde (pārdēvēta"P.1) konstatēts četriem ceļotājiemno Brazīlijas kārtējās pārbaudes laikā Hanedā (Tokija)lidosta.§ Šiem variantiem ir ģenētisko muta konstelācijatēmām, tostarp S proteīna receptoru saistošajā domēnā,kas ir būtisks saistīšanās ar saimniekšūnu angiotenzīna-pārvērš enzīma-2 (ACE-2) receptoru, lai atvieglotu vīrusuierakstu.Pierādījumi liecina, ka tajos ir atrastas citas mutācijasvarianti varētu nodrošināt ne tikai paaugstinātu pārnesamību, bet arīvar ietekmēt arī dažu diagnostikas darbību veiktspēju reāllaikāapgrieztā transkripcijapolimerāzes ķēdes reakcija (RT-PCR)pārbaudesun samazina jutību pret neitralizējošām antivielām(2,3,510).Nesenā gadījuma ziņojumā tika dokumentēts pirmais gadījumsSARS-CoV-2 atkārtota inficēšanās Brazīlijā ar SARS-CoV-2 variantukas saturēja E484K mutāciju**, kas ir parādītalai samazinātu neitralizāciju ar atveseļojošiem serumiem un monoklonāliemantivielas (9,10).

Šajā ziņojumā galvenā uzmanība pievērsta B.1.1.7 varianta rašanāsAmerikas Savienotajās Valstīs.No 2021. gada 12. janvāra neB.1.351, ne P.1 varianti nav konstatētiSavienotās Valstis.Lai iegūtu informāciju par jauno SARS-CoV-2variantiem, kas rada bažas, CDC uztur tīmekļa vietni, kas veltītasniedzot informāciju par jauniem SARS-CoV-2 variantiem.††

 B.1.1.7 ciltsraksts (20I/501Y.V1)

B.1.1.7 variantam ir S proteīna mutācija(N501Y), kas ietekmē receptoru saistīšanās konformācijudomēns.Šim variantam ir 13 citas B.1.1.7 līnijas definējošas mutācijas (tabula), no kurām vairākas ir S proteīnā,ieskaitot svītrojumu 69. un 70. pozīcijā (del6970) tasspontāni attīstījās citos SARS-CoV-2 variantos un irtika izvirzīta hipotēze, ka palielinās transmisivitāte (2,7).Dzēšana69. un 70. pozīcijā izraisa S-gēna mērķa mazspēju (SGTF)vismaz vienā RT-PCRbalstītu diagnostikas testu (ti, arThermoFisher Taq Path COVID-19 tests, B.1.1.7 variskudras un citi varianti ar del6970 rada negatīvurezultāts S-gēna mērķim un pozitīvs rezultāts pārējiem diviemmērķi);SGTF ir kalpojis kā starpniekserveris Apvienotajā KaralistēB.1.1.7. gadījumu identificēšanai (1).Vairāki pierādījumi liecina, ka B.1.1.7 ir vairākefektīvi pārraida, salīdzinot ar citiem SARS-CoV-2varianti, kas cirkulē Apvienotajā Karalistē.Apvienotās Karalistes reģioni arlielākai daļai B.1.1.7 sekvenču epidēmija bija ātrākapieaugums nekā citās jomās, SGTF diagnozes palielinājāsātrāk nekā ne-SGTF diagnozes tajās pašās jomās, un alielāks kontaktpersonu īpatsvars inficējās ar indeksa pacientiemar B.1.1.7 infekcijām nekā indeksa pacientiem, kas inficēti arciti varianti (1,3).Variantam B.1.1.7 ir potenciāls palielināt ASV pannudemiskā trajektorija nākamajos mēnešos.Lai ilustrētu šo efektu,tika izstrādāts vienkāršs, divu variantu nodalījuma modelis.Pašreizējā B.1.1.7 izplatība ASV starp visiem apritē esošajiemvīrusi nav zināmi, bet tiek uzskatīts, ka tas ir <0,5%, pamatojoties uzierobežots atklāto gadījumu skaits un SGTF dati (8).Priekšmodelī sākotnējie pieņēmumi ietvēra B.1.1.7. izplatību0,5% no visām infekcijām, SARS-CoV-2 imunitāte noiepriekšējā infekcija 10%30%, laikā mainīgs reproduktīvaisskaits (Rt ) no 1,1 (mazināta, bet pieaugoša pārraide)vai 0,9 (samazinās pārraide) pašreizējiem variantiem, un tiek ziņots par 60 gadījumiem uz 100 000 personām dienā2021. gada 1. janvāris. Šie pieņēmumi precīzi neatspoguļojebkuru atsevišķu ASV atrašanās vietu, bet drīzāk norāda vispārinājumuapstākļi, kas ir izplatīti visā valstī.R t izmaiņas beigušāslaiks, kas izriet no iegūtās imunitātes un pieaugošā prevatika modelēta B.1.1.7. līnija, pieņemot, ka B.1.1.7.būt konstantei 1,5 reizes lielāka par pašreizējo variantu R t, pamatojoties uzsākotnējās aplēses no Apvienotās Karalistes (1,3).Pēc tam tika modelēta vakcinācijas iespējamā ietekmepieņemot, ka uz katru tika ievadīts 1 miljons vakcīnas devudiena, kas sākas 2021. gada 1. janvārī, un šī 95% imunitātetika sasniegts 14 dienas pēc 2 devu saņemšanas.Konkrēti,imunitāte pret infekciju ar pašreizējiem variantiem vaiTika pieņemts B.1.1.7 variants, lai gan efektivitāte unaizsardzības pret infekciju ilgums joprojām nav skaidrs,jo tie nebija klīnisko pētījumu primārais mērķa kritērijssākotnējām vakcīnām.Šajā modelī B.1.1.7 izplatība sākotnēji ir zema, tomēr tāpēctas ir pārnēsājamāks nekā pašreizējie variantistrauja izaugsme 2021. gada sākumā, kļūstot par dominējošo mainīgoskudra martā (1. attēls).Vai strāvas pārvadevarianti pieaug (sākotnējais R t = 1,1) vai lēnām samazinās(sākotnējais Rt = 0,9) janvārī B.1.1.7 rada būtiskas izmaiņaspārraides trajektorijā un jaunā eksponenciālā fāzēizaugsmi.Ar vakcināciju, kas aizsargā pret infekciju,agrīnās epidēmijas trajektorijas nemainās un B.1.1.7joprojām notiek (2. attēls).Tomēr pēc B.1.1.7 kļūst pardominējošais variants, tā pārraide tika būtiski samazināta.Vakcinācijas ietekme uz transmisijas samazināšanu tuvākajā apkārtnētermiņš bija vislielākais scenārijā, kurā bija pārraidejau samazinās (sākotnējais R t = 0,9) (2. attēls).Agrīnie centieni, kasvar ierobežot B.1.1.7 varianta izplatību, piemēram, universālo unpastiprināta atbilstība sabiedrības veselības mazināšanas stratēģijām,dos vairāk laika pastāvīgai vakcinācijai, lai sasniegtu augstāku līmenipopulācijas līmeņa imunitāte.

Diskusija

Pašlaik nav zināmas atšķirības klīniskajos iznākumossaistīta ar aprakstītajiem SARS-CoV-2 variantiem;tomērlielāks pārnešanas ātrums radīs vairāk gadījumu, palielinotiesto personu skaits, kurām nepieciešama klīniskā aprūpe, saasinātājsmazinot slogu uz jau tā saspringto veselības aprūpes sistēmu,un izraisot vairāk nāves gadījumu.Turpināta genoma uzraudzībaidentificēt B.1.1.7 gadījumus, kā arī citu rašanosvarianti, kas rada bažas Amerikas Savienotajās Valstīs, ir svarīgiCovid-19 sabiedrības veselības reakcija.Tā kā SGTF rezultātivar palīdzēt identificēt iespējamos B.1.1.7 gadījumus, kurus var apstiprinātveicot secību, identificējot prioritāros variantus, kas netiek parādītiSGTF paļaujas tikai uz secībā balstītu uzraudzību.

 

 

 

Varianta apzīmējums

Pirmā identifikācija  

Raksturīgās mutācijas

(olbaltumviela: mutācija)

Pašreizējās secības apstiprināto gadījumu skaits Nr. no

valstis ar

sekvences

Atrašanās vieta Datums Savienotās Valstis Visā pasaulē  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Apvienotā Karaliste 2020. gada septembris ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15 369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Dienvidāfrika 2020. gada oktobris ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S: K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazīlija un Japāna 2021. gada janvāris ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Saīsinājumi: del = dzēšana;E = apvalka proteīns;N = nukleokapsīda proteīns;ORF = atvērts lasīšanas rāmis;S = smaile proteīns.

Pieredze Apvienotajā Karalistē un B.1.1.7 modeļosšajā ziņojumā sniegtā informācija ilustrē ietekmi, kas ir lipīgākavariants var būt par gadījumu skaitu populācijā.Thepalielināta šī varianta pārvadāmība prasa vēl vairākstingra kombinēta vakcinācijas un mazināšanas pasākumu īstenošanapasākumi (piemēram, distancēšanās, maskēšana un roku higiēna)lai kontrolētu SARS-CoV-2 izplatību.Šie pasākumi būsefektīvākas, ja tās tiek ieviestas agrāk, nevis vēlākpalēnināt B.1.1.7 varianta sākotnējo izplatību.Centieni, laisagatavot veselības aprūpes sistēmu turpmākiem uzplūdiem gadījumosgarantēta.Paaugstināta pārvadāmība nozīmē arī augstākujāsasniedz vakcinācijas pārklājums, nekā paredzētssasniegt tādu pašu slimību kontroles līmeni, lai aizsargātu sabiedrībusalīdzinot ar mazāk pārnēsājamiem variantiem.Sadarbībā ar akadēmisko, nozari, valsts, teritoriālo,cilts un vietējie partneri, CDC un citas federālās aģentūraskoordinē un uzlabo genoma uzraudzību unvīrusu raksturošanas centieni visā ASV.CDCkoordinē ASV sekvences centienus, izmantojot SARS-CoV-2Sabiedrības veselības ārkārtas reaģēšanas secība,Epidemioloģija un uzraudzība (SPHERES)§§konsorcijs,kas ietver aptuveni 170 iesaistītās iestādes un veicina atklātu datu apmaiņu, lai atvieglotu SARS-CoV-2 lietošanusecības dati.Lai izsekotu SARS-CoV-2 vīrusa evolūciju, CDC irīstenojot daudzpusīgu genoma uzraudzību, lai saprastuepidemioloģiskie, imunoloģiskie un evolūcijas procesikas veido vīrusu filogēnijas (filodinamika);ceļvedis uzliesmojumsizmeklēšanas;un atvieglot noteikšanu un raksturošanuiespējamu atkārtotu inficēšanos, vakcīnas izrāvienu gadījumus untopošie vīrusu varianti.2020. gada novembrī tika izveidots CDCNacionālā SARS-CoV-2 celmu uzraudzības (NS3) programmauzlabot vietējā SARS-CoV-2 reprezentativitātisekvences.Programma sadarbojas ar 64 ASV publikāmveselības laboratorijas, lai atbalstītu genoma uzraudzības sistēmu;NS3 arī veido SARS-CoV-2 paraugu kolekciju asekvences, lai atbalstītu sabiedrības veselības reakciju un zinātniskupētījumi, lai novērtētu attiecīgo mutāciju ietekmi uzesošie ieteicamie medicīniskie pretpasākumi.CDC irarī noslēdza līgumu ar vairākām lielām komerciālām klīniskām laboratorijāmlai ātri secētu desmitiem tūkstošu SARS-CoV-2pozitīvos eksemplārus katru mēnesi un ir finansējis septiņus akadēmiskosiestādēm, lai sadarbībā veiktu genoma uzraudzībuar sabiedrības veselības aģentūrām, tādējādi būtiski papildinotsavlaicīga genoma uzraudzības datu pieejamība no visas pasaulesSavienotās valstis.Papildus šīm valsts iniciatīvāmdaudzas valsts un vietējās sabiedrības veselības aģentūras veic secību

1. ATTĒLS. Pašreizējo SARS-CoV-2 variantu un B.1.1.7 varianta simulētās gadījumu sastopamības trajektorijas*,pieņemot, ka netiek veikta vakcinācija sabiedrībāun sākotnējais Rt = 1,1 (A) vai sākotnējais Rt = 0,9 (B) pašreizējiem variantiemAmerikas Savienotās Valstis, janvāris2021. gada aprīlis

 

1. attēls
2. attēls
saīsinājumi
1. attēls

SARS-CoV-2, lai labāk izprastu vietējo epidemioloģiju unatbalstīt sabiedrības veselības reakciju uz pandēmiju.Šī ziņojuma konstatējumi ir pakļauti vismaz trim ierobežojumiemcijas.Pirmkārt, transmisibilitātes pieauguma apjomsAmerikas Savienotajās Valstīs, salīdzinot ar to, kas novērota Amerikas Savienotajās ValstīsApvienotā Karaliste joprojām ir neskaidra.Otrkārt, izplatībaB.1.1.7 Amerikas Savienotajās Valstīs arī pašlaik nav zināma, tačuuzlabosies variantu noteikšana un izplatības novērtēšanaar pastiprinātiem ASV uzraudzības centieniem.Visbeidzot vietējā mitigaarī pasākumi ir ļoti mainīgi, kas izraisa atšķirībasR t .Šeit sniegtie konkrētie rezultāti ir balstīti uz simulācijāmun pieņēma, ka pēc 1. janvāra ietekmes mazināšanas pasākumi nemainīsies.Paaugstināta B.1.1.7 varianta kara pārnēsājamībaaicina stingri īstenot sabiedrības veselības stratēģijassamazināt pārraidi un samazināt B.1.1.7. iespējamo ietekmi,pērkot kritisko laiku, lai palielinātu vakcinācijas pārklājumu.CDCmodelēšanas dati liecina, ka universāla lietošana un palielināta komplimazināšanas pasākumiem un vakcinācijai ir izšķiroša nozīmeievērojami samazināt jaunu gadījumu un nāves gadījumu skaitunākamajos mēnešos.Tālāk personu stratēģiskā pārbaude bezCovid-19 simptomiem, bet kuriem ir paaugstināts risks saslimtinficēšanās ar SARS-CoV-2, sniedz vēl vienu iespējuierobežot notiekošo izplatību.Kopā uzlabota genoma uzraudzībalance apvienojumā ar lielāku atbilstību sabiedrības veselībaiseku mazināšanas stratēģijas, tostarp vakcinācija, fiziska distanceapstrāde, masku lietošana, roku higiēna un izolācija un karantīna,būs būtiska, lai ierobežotu SARS-CoV-2 izplatību unsabiedrības veselības aizsardzība.

Pateicības

Sabiedrības veselības ārkārtas situāciju secības dalībniekiReaģēšanas, epidemioloģijas un uzraudzības konsorcijs;valsts un vietējaissabiedrības veselības laboratorijas;Sabiedrības veselības laboratoriju asociācija;CDC Covid-19 reaģēšanas komanda;Elpošanas ceļu vīrusu nodaļa,Vīrusu slimību nodaļa, CDC. Medicīnas žurnālu redaktoru komitejas veidlapa potenciāla izpaušanaiinterešu konflikti.Iespējamie interešu konflikti netika atklāti.

Atsauces

1. Sabiedrības veselība Anglijā.Jaunā SARS-CoV-2 varianta izpēte: bažas rada variants 202012/01, tehniskā instruktāža 3. Londona, Apvienotā Karaliste: Public Health England;2020. gads. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP u.c.Atkārtota SARS-CoV-2 tapas dzēšanas ΔH69/V70 parādīšanās un pārnešana.bioRxiv [Priekšdruka publicēta tiešsaistē 2021. gada 14. janvārī].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volcs E, Mishra S, Chand M u.c.SARS-CoV-2 līnijas B.1.1.7 pārnešana Anglijā: epidemioloģisko un ģenētisko datu sasaistes ieskats.medRxiv [Priekšdruka publicēta tiešsaistē 2021. gada 4. janvārī].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA u.c.;CDC Covid-19 reaģēšanas komanda.Vadlīniju kopsavilkums par sabiedrības veselības stratēģijām, lai novērstu SARS-CoV-2 un ar to saistīto nāves gadījumu augsto izplatības līmeni sabiedrībā, 2020. gada decembris. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.1558.2/9mmwr.2
5. Volcs E, Hill V, McCrone JT u.c.;COG-UK konsorcijs.SARS-CoV-2 smailes mutācijas D614G ietekmes uz pārnesamību un patogenitāti novērtējums.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S u.c.;Šefīldas COVID-19 genomikas grupa.SARS-CoV-2 smailes izmaiņu izsekošana: pierādījumi, ka D614G palielina Covid-19 vīrusa inficētspēju.Šūna
2020; 182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S u.c.Dabiskās dzēšanas SARS-CoV-2 smaile glikoproteīnā veicina antivielu izkļūšanu.bioRxiv [Priekšdruka publicēta tiešsaistē 2020. gada 19. novembrī].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S gēnu atbiruma modeļi SARS-CoV-2 testos liecina par H69del/V70del mutācijas izplatību ASV.medRxiv [Priekšdruka publicēta tiešsaistē 2020. gada 30. decembrī].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F u.c.Izvairieties no neitralizējošām antivielām ar SARS-CoV-2 smaile proteīnu variantiem.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD u.c.Visaptveroša SARS-CoV-2 receptorus saistošā domēna mutāciju kartēšana, kas ietekmē poliklonālo cilvēka seruma antivielu atpazīšanu.bioRxiv [Priekšdruka publicēta tiešsaistē 2021. gada 4. janvārī].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Izlikšanas laiks: 11. februāris 2021